Tre erano le navate, ben proporzionate, ed esternamente la chiesa era realizzata in pietre riquadrate lavorate a scalpello.  Tratti della costruzione originaria, risalente al XII-XIII sec., si possono scorgere ancora oggi, pressoché intatti, nella parte posteriore della chiesa, mentre nei muri laterali, dalle due porte fino alla facciata, sono ben evidenti le tracce di una costruzione assai affrettata eseguita dopo l’incendio e la devastazione che la Badia subì nel maggio del 1329, ad opera dei soldati tedeschi.

All’interno, il soffitto della nuova chiesa presentava una travatura a cavalletti, magnificamente armonizzata col disegno di tutto l’edificio, della quale rimangono solo i beccatelli. L’attuale travatura risale infatti ad epoca posteriore e rivela una notevole asimmetria rispetto sia alle principali linee architettoniche, sia alla originaria distribuzione delle luci. Il primitivo presbitero aveva forma esagonale, era privo della balaustra, ed in mezzo ad esso spiccava l’antica, grandiosa mensa marmorea che, dopo essere rimasta relegata nella retrostanza della sagrestia per oltre un secolo, perché sostituita da un altare moderni. Sconosciuto è l’autore di queste opere, anche se si può credere che sia stato Alluminato da Como, uno dei più valenti comancini dell’epoca, che insieme altri nobili ed illustri personaggi ebbe sepoltura nel cimitero della Badia. Coeva, o quasi, alla ricostruzione della chiesa, deve essere stata l’erezione di una torre campanaria, munita di due campane, con le quali i monaci chiamavano a raccolta i fedeli. Sull’antico basamento di questa opera, venne innalzato l’attuale campanile, ultimato nel 1902. Sotto l’abate Bartolomeo, la Badia si cinse di un muro di difesa. Di queste mura merlate, oggi, è rimasto in piedi solo l’arco di ingresso, che immetteva nell’antico cimitero. Sulla sommità di questa grandiosa opera architettonica, ai lati, spiccavano i busti, in pietra calcarea, degli apostoli Pietro e Paolo. Il chiostro ed il monastero sorgevano a nord della chiesa, ad essi si accedevano dal cimitero. Di queste antiche costruzioni è rimasto solo il refettorio, al pian terreno, odiernamente adibito a legnaia.