La chiesa si trova al centro dell’attuale paese di Montebello, nel 1632 alla chiesa viene annesso il campanile, dove si trova ancora oggi. Dal XVII sec. fino agli inizi del XX sec. si susseguono tutta una serie di interventi che non fanno altro che ampliare e ristrutturare l’edificio già esistente. Nel 1944, durante la Seconda guerra mondiale alcuni proiettili di mortaio colpirono la struttura principali e il campanile creando numerosi danni alla struttura. La struttura della chiesa di Santa Margherita a Montebello si presenta con una pianta rettangolare ad andamento longitudinale lungo l’asse maggiore, con orientamento est-ovest, a nave unica con presbitero rettangolare. La copertura della chiesa è a capanna con le struttura principale in legno formata da capriate secondarie in travi e travicelli con interposte mezzane in laterizio, il manto di copertura è costituito da embrici e coppi alla toscana, le strutture portanti verticali sono in muratura mista in pietra e laterizio intonacato, mentre quelle di orizzontamento sono costituite sia nella navata, divisa in tre campate, come nel presbiterio da una volta a botte unghiata realizzata ad incannicciato. La chiesa presenta un impianto strutturale in muratura mista di pietra e laterizio. All’esterno le facciate sono tutte intonacate e tinteggiate, solo in parte quella nord, mentre l’interno appare intonacato e tinteggiato. È illuminata naturalmente da quattro finestre rettangolari poste sopra il cornicione della navata, tre sul lato sud e una su quello nord. È senza cupola. All’esterno solo la facciata presenta alcuni elementi decorativi costituiti da quatte lesene, di cui due angolari, con capitello dorico, che sorreggono una liscia trabeazione su cui poggia un timpano. La porta principale d’ingresso, delimitata da una cornice e un architrave in marmo bianco, è sormontata da una lunetta, con la raffigurazione in mosaico di santa Margherita, realizzata da maestranze toscane del XX secolo. La pavimentazione interna della chiesa si compone nella navata di piastrelle quadrate e di graniglie bicolore bianco e nero, poste a scacchiera, invece per l’esterno la pavimentazione viene costituita solo di blocchi irregolari di marmo, ed è presente solo sui lati est e sud. L’interno è decorato da affreschi, stucchi e decorazioni con effetto “finto marmo” realizzati da bottega toscana a metà del XIX secolo.